이 국립공원은 해안에서 내륙에 걸쳐 해발 차가 크고 남북으로 긴 지형 덕분에 다양한 환경을 보유하며 풍부한 생물다양성을 자랑합니다. 주요 능선에는 고산식물이 발달했으며, 특히 카르 지형 주변에는 다종다양한 고산식물로 이루어진 꽃밭도 펼쳐져 있습니다. 산의 형성이 오래됐고 특이한 지형과 지질의 영향으로, 히다카자운영, 히다카금매화 등 다른 산과는 다른 고산식물상을 관찰할 수 있습니다. 주요 능선에서는 조금 벗어나지만, 아포이다케산(해발 810m)에는 히다카초, 에조쇠서나물 외에도 아포이의 이름을 딴 고유종과 희귀한 격리 분포종이 많이 분포하고 있습니다.
동물상 역시 다양하며, 산기슭을 중심으로 불곰, 에조사슴 등의 대형 포유류가 다수 서식합니다. 빙하기를 살아남은 생물이라 불리는 에조우는토끼도 분포합니다. 히다카산맥 남부에서는 해발이 낮은 곳에서도 에조우는토끼가 서식하는 것이 확인됐습니다. 에리모곶 부근 해안에는 풍요로운 바다를 상징하듯 잔점박이물범 등의 해양 포유류도 서식하고 있습니다.
