中部山岳国立公园内高耸的群山孕育了独特的生态系统。山间的植被随海拔不断变化：偃松与针叶林占据着最高的山顶，岳桦林通常坐落于海拔 1,500 米至 2,500 米之间的山坡上，海拔较低处则覆盖着山毛榉与蒙古栎。
这座公园也是许多哺乳动物的家园，如亚洲黑熊、日本猕猴及日本髭羚。这里还有很多高山野生动物，例如岩雷鸟与高岭日阴蝶。
植物
驹草
驹草（学名：Dicentra peregrina）在日本被誉为“高山植物女王”，是一种生长在岩质山坡上的多年生植物，靠着空气中的水分来滋养根系。驹草的含义是“马草”，因其形似马头的粉色花朵而得名。每年 7 月至 8 月，驹草会在乘鞍岳与燕岳的山脊线上绽放。
驹草生长在岩质山坡上
高山带
公园的高山带海拔超过 2,500 米，是偃松群与各种高山花卉的家园。白马岳拥有丰富多彩的高山花卉，例如白马细香葱（学名：Allium schoenoprasum var. orientale）与紫白马龙胆（学名：Gentianopsis yabei f. violacea）。
白马细香葱生长在公园的高山带上
动物
日本猕猴
日本猕猴是日本的本土物种。与其他物种不同，日本猕猴能够适应中部山岳国立公园寒冷多雪的冬天。天气越冷，它们的毛皮就会越厚，来帮助它们御寒，进而适应零下 20 摄氏度的严酷环境。在所有灵长类动物过冬的栖息地中，属此处最为寒冷。
日本猕猴
岩雷鸟
岩雷鸟（学名：Lagopus mutus japonicus）只在公园海拔较高的地方出现。传说岩雷鸟是众神的信使。它们的羽毛会随着季节的变化呈现出不同的保护色，从夏天斑驳的褐色逐渐变成冬天的白色。岩雷鸟是冰河时代的幸存者，因而被指定为特别天然纪念物，同时也是日本国宝。
岩雷鸟及其幼鸟