富士箱根伊豆国立公园的山林与岛屿是许多动植物的家园。例如，箱根地区拥有落叶阔叶树与草原，还生长着许多特有植物，比如山椒蔷薇（学名：Rosa hirtula）与富士樱。伊豆地区拥有广袤的山毛榉林和许多花卉，例如与杜鹃花相似的天城石楠花（学名：Rhododendron degronianum var. amagianum）。
公园里还有许多特有鸟类，其中包括伊豆鸫和柳莺，周围的海域则是东方宽吻海豚等海洋生物的重要栖息地。
植物
富士蓟
富士蓟（学名：Cirsium purpuratum）生长在富士山周围，是日本最大的蓟类植物。每年 8 月至 10 月，富士蓟会开出紫红色的花朵。当地居民通常会将其可食用的根与味噌一同腌渍，制成一道美食。
富士蓟
山椒蔷薇
山椒蔷薇（学名：Rosa hirtula）是日本土生土长的一种玫瑰。它的名称意为“花椒玫瑰”，因为它的叶子与花椒的叶子极为相似。每年 5 月至 7 月，山椒蔷薇会开出粉红色的花朵。
山椒蔷薇
动物
日本爪鲵
日本爪鲵（学名：Onychodactylus japonicus）是日本本土物种，在温带森林及河川中均能发现其踪迹。与其它蝾螈相比，它的尾巴与身长的比例要大得多。当体温太高或太低时，这种生物会进入休眠状态。
日本爪鲵
东方宽吻海豚
东方宽吻海豚（学名：Tursiops aduncus）通常栖息在印度、东亚及澳大利亚的沿海水域。虽然外表与普通的宽吻海豚极为相似，但这种海豚体型更小，且腹部通常有黑色斑纹。约有 100 只东方宽吻海豚栖息在御藏岛附近的水域中。
东方宽吻海豚