该国立公园从海岸延伸至内陆,海拔差异大且南北跨度长,因此环境多样,生物多样性丰富。在主山脊上,高山植被茂盛,特别是在冰斗地形周边,遍布着由多种高山植物构成的花海。 由于山脉形成年代久远,以及受到特殊地形、地质的影响,在这里可以看到与日本其他山脉不同的高山植物群落,如日高紫云英、日高金梅草等。虽然稍微偏离主山脊,但在Apoi岳(海拔810m)上,除了日高草和猫耳菊外,还分布着众多以Apoi命名的特有种和稀有的隔离分布种等。
动物群落也同样丰富多样,以山脚地带为中心,栖息着许多大型哺乳动物,如棕熊、虾夷鹿等。被称为“冰河时期幸存者”的虾夷鼠兔也生活在这里,经确认,在日高山脉南部的低海拔地区也栖息着虾夷鼠兔。在襟裳岬附近的海岸,栖息着象征富饶海洋的港海豹等海洋哺乳动物。