小笠原国立公园的岛屿从未与大陆接壤，因此，该地孕育出了许多当地特有的动植物与昆虫。座头鲸、海豚、绿蠵龟及各种热带鱼类栖息在公园的海洋中，陆地上的亚热带森林则为黑林鸽与小笠原狐蝠等珍稀物种提供了庇护所。
植物
木荷
木荷（学名：Schima mertensiana）是该地区特有的常绿乔木。每年 5 月至 6 月，木荷的白色五瓣花朵都会成为公园一道亮丽的风景线。
木荷
动物
绿蠵龟
绿蠵龟（学名：Chelonia mydas）分布于世界各地的热带及亚热带地区。每年 3 月至 9 月，它们会在公园的沙滩上产卵。小笠原国立公园是日本最大的绿蠵龟繁殖地。
绿蠵龟
座头鲸
座头鲸（学名：Megaptera novaeangliae）体型庞大，体重可达 30 吨以上。它因悠长美妙的歌声和背鳍前明显的隆起而闻名。每年 12 月至次年 5 月初为座头鲸的繁殖季。您会在小笠原国立公园发现它们的身影。
座头鲸