支芴洞爷国立公园的原始湖泊与广阔森林是各种植物与野生动物的家园。
公园内混合生长着针叶树与阔叶树，其中包括鱼鳞云杉、库页冷杉、蒙古栎及春榆。在海拔更高的地区，您可以观赏到偃松以及矶杜鹃与松毛翠等高山植物。
这里也为雪兔、虾夷栗鼠及梅花鹿等动物提供了宝贵的生态系统。日本领角鸮、黑啄木鸟及其他鸟类栖息在此处的森林中，斑嘴鸭和凤头潜鸭则经常出没于清澈见底的湖泊中。
植物
矶杜鹃
矶杜鹃（学名：Ledum palustre subsp.Diversipilosum var. nipponicum）是杜鹃花属的亲缘物种。这种常绿灌木通常生长于高山及亚高山地区，在支芴洞爷国立公园樽前山的火山山坡上尤为繁茂。每年 6 月至 7 月，矶杜鹃都会绽放出一簇簇白色的小花。
矶杜鹃
针叶树和阔叶树混合林
支笏湖沿岸生长着鱼鳞云杉、库页冷杉、蒙古栎和春榆。美笛地区因高耸丛生的阔叶树而获名“巨木森林”，其中生长着春榆、连香树、华东椴及刺楸（学名：Kalopanax septemlobus）。
支笏湖之森
动物
虾夷栗鼠
虾夷栗鼠（学名：Sciurus vulgaris orientis）是欧亚松鼠的亚种，也是北海道低地及亚高山地区最常见的松鼠种类。虾夷栗鼠不会冬眠，所以一年四季都很活跃。这种松鼠的毛色会随着季节的变化而变化，夏季是红棕色，到了冬季则转为灰色或浅褐色，下巴和腹部还会出现白色斑块。虾夷栗鼠经常出没于羊蹄山上和支笏湖附近。
虾夷栗鼠
北海道赤狐
北海道赤狐（学名：Vulpes vulpes schrencki）是赤狐的亚种，足迹遍布支芴洞爷国立公园全境。其耳朵和四肢的尖端呈黑色，体型比本州的赤狐大。这种夜行动物主要以鼠类、鸟类及昆虫为食，偶尔也会食用水果和坚果。
北海道赤狐
黑啄木鸟
黑啄木鸟（学名：Dryocopus martius martius）体长可超过 45 厘米，是日本最大的啄木鸟。它们有着白色的喙和鲜红色的羽冠，有时会垂直停留在树干侧面。在北海道，黑啄木鸟通常会在岳桦、白桦或库页冷杉上筑巢。这种鸟力气很大，鸟嘴可以啄进树干深处，因此，在支笏湖温泉附近可以见到伤痕累累的树木。
黑啄木鸟