大山隱岐國家公園海拔 1,600 公尺處生長著灌木帶，是矮紫杉一類高山植物的主要生長地區，而毛無山及擬寶珠山上則盛開著豬牙花。
在隱岐群島海拔較低的沿海地區，來自日本各處的植物在此共存，例如通常生長在北方的玫瑰，以及通常生長在南方的名護蘭。隱岐群島本身也是日本海中面積最廣的海草床棲息地之一，同時還是本土物種隱岐小鯢的家園。
島根半島上的岩岸是海鳥繁殖的理想場所。經島沿海則是黑尾鷗在日本最重要的築巢地點之一。
植物
豬牙花
豬牙花（學名：Erythronim japonicum）生長在溫帶落葉樹林（例如山毛櫸與蒙古櫟）之下，每年春季都能在毛無山及島後島附近發現它們的身影。
豬牙花
矮紫杉
矮紫杉（學名：Taxus cuspidate）是日本紅豆杉的變種，生長在日本海沿海的群山之中。大山山頂上的矮紫杉聚落已獲指定為特別天然紀念物。
矮紫杉
動物
黑尾鷗
經島位於島根半島最西側的日御碕海灣，每年 11 月初至隔年 7 月期間都會有成千上萬隻黑尾鷗聚集在此處繁衍後代。遊客可在日御碕觀景台上觀賞黑尾鷗。
黑尾鷗
隱岐小鯢
這種小鯢是隱岐群島獨有的物種。牠們僅生活在島後島的溪流中，被指定為該鎮的天然紀念物。
隱岐小鯢