各式各樣的動植物在富士箱根伊豆國家公園中的山林及島嶼中安家落戶。例如，箱根地區擁有落葉闊葉林及草原，還有許多特有種植物，像是山椒薔薇（學名：Rosa hirtula）及富士櫻。伊豆地區擁有遼闊的山毛櫸森林，還有各種花朵，例如與杜鵑花相似的天城山石楠花（學名：Rhododendron degronianum amagianum）。
公園裡還有許多特有種的鳥類，包括伊豆鶇及柳鶯；周圍的海洋也是印太洋瓶鼻海豚等海洋生物的重要棲息地。
植物
富士薊
富士薊（學名：Cirsium purpuratum）生長在富士山周圍，是日本最大的薊類植物。其花期為 8 月至 10 月，期間會開出紫紅色花朵。當地人會將其可食用的根和味噌一同醃漬以供食用。
富士薊
山椒薔薇
山椒薔薇（學名：Rosa hirtula）是一種原生於日本的玫瑰。此名字的含義為「花椒玫瑰」，因其葉子與花椒的葉子極為相似。5 月至 7 月期間，您可以在這裡見到山椒薔薇淡粉色的花朵。
山椒薔薇
動物
日本爪鯢
日本爪鯢（學名：Onychodactylus japonicus）原生於日本，在溫帶森林和河川皆能發現其蹤影。比起其他蠑螈，牠的尾巴通常會佔更多的身體比例。牠們會在天氣太熱或太冷時進入休眠狀態。
日本爪鯢
印太洋瓶鼻海豚
印太洋瓶鼻海豚（學名：Tursiops aduncus）居住在印度、東亞及澳洲沿岸海域。印太洋瓶鼻海豚神似常見的寬吻海豚，但通常身形較小，且在腹部有黑色的斑點。約有 100 隻印太洋瓶鼻海豚棲息於御藏島周圍。
印太洋瓶鼻海豚