西表石垣國家公園擁有日本最大的紅樹林，以及北半球規模最大的藍色珊瑚群。公園內的島嶼亦坐擁海濱森林植被，例如黃槿、露兜樹以及當地特有種八重山椰子。
這些自然環境吸引了各種迷人的生物前來棲息，其中包括大冠鷲、食蛇龜和珊瑚礁鬼蝠魟。西表山貓等物種只棲息於這座公園的島嶼上，岸上石龍子則僅生活於公園境內的八重山列島，以及公園境外的與那國島。
植物
紅樹林
紅樹林生長於淡水與海水混合的區域，為亞熱帶地區所獨有。西表石垣國家公園的紅樹林主要由海茄苳與紅茄苳組成，而位於西表島的仲間川則擁有全日本最大的紅樹林林地。
紅樹林
動物
珊瑚礁鬼蝠魟
珊瑚礁鬼蝠魟（學名：Manta alfredi）是全世界最大的魟魚品種之一。世界各地的熱帶與亞熱帶海域均為珊瑚礁鬼蝠魟的活動範圍。可常於八重山列島的周圍海域發現其蹤影，特別是川平灣一處名為「鬼蝠魟清潔站」(Manta Scramble) 的蝠魟群聚地。
珊瑚礁鬼蝠魟
西表山貓
西表山貓（學名：Prionailurus bengalensis iriomotensis）於 1965 年方為人所知，是一種僅生活在西表島上的石虎亞種。現今島上僅剩約 100 隻西表山貓，使其被列為瀕危物種。
西表山貓