慶良間諸島珊瑚礁擁有 248 種造礁珊瑚，於 2005 年獲列《濕地名錄》。6 月左右為珊瑚的產卵季，一些存活下來的珊瑚幼蟲會被海浪帶到沖繩本島西岸，並棲居於該地的海域中。
慶良間諸島擁有超過 620 種原生植物，島上的森林則有 46 種不同的樹種，四處遍布著茂密繁盛的蒲葵和琉球松。當地地貌長期受到季風影響，因此樹木相對較為矮小。
慶良間諸島棲息著許多獨特罕見的野生動物，包括劍尾蠑螈、日本地龜、綠蠵龜、琉球歌鴝和慶良間鹿，而慶良間諸島外海區域則是座頭鯨的繁殖地點。
動物
綠蠵龜
綠蠵龜（學名：Chelonia mydas）遍布於世界各地的熱帶和亞熱帶地區。每逢繁殖季節，牠們便會登上慶良間諸島的沙灘產卵，此時有機會能享受與這些海龜共游的樂趣。
綠蠵龜
座頭鯨
座頭鯨（學名：Megaptera novaeangliae）身長約 13 至 15 公尺，最重達 30 噸。每年 12 月至隔年 4 月，可欣賞到座頭鯨圍繞慶良間諸島四周海面暢游的身影。在日本，其主要繁殖地為琉球群島與小笠原群島附近的海域。
座頭鯨