南阿爾卑斯國家公園中的植被會隨著海拔高度而有所不同，在海拔高度超過 1,600 公尺處有山毛櫸，超過 2,700 公尺地帶則有白葉冷杉、偃松及鮮花盛開的高山草原。許多罕見的原生種高山植物皆生長在此區域。
公園中生活著各種各樣的野生動物，包括日本髭羚、白鼬、岩雷鳥及日本獼猴。
植物
北岳草
北岳草（學名：Callianthemum hondoense）是僅生長在北岳附近的高山多年生植物。6 月底至 7 月初會開出白色的花朵。
北岳草
高山草原
南阿爾卑斯國家公園中生長著大量的高山植物。長白金蓮花（學名：Trollius japonicus）和白山一花（學名：Anemone narcissiflora）生長於荒川岳的草原之上，這裡是公園內最大的鮮花草地。
南阿爾卑斯國家公園內的高山植物
動物
白鼬
白鼬（學名：Mustela erminea nippon）為鼬的一種。牠們居住在海拔超過 1,200 公尺的亞高山區域，以肉食為主要食物來源。夏季時白鼬的毛色為棕色，進入冬季時為白色，然而下腹部則終年維持白色。
白鼬
紅襟粉蝶
紅襟粉蝶（學名：Anthocharis cardamines niphonica）為端红蝶的亞種。這種高山蝴蝶在冰河時期從亞洲大陸來到日本。氣候變溫暖後，紅襟粉蝶又改往高海拔地區棲息。
紅襟粉蝶