妙高戶隱連山國家公園的火山和濕地環境，孕育出了許多不同種類的動植物。妙高山脈的山脊覆有茂盛的松樹林，山麓則布滿了羊鬍子草、驢蹄草和水芭蕉。園內遍布著鬱鬱蔥蔥的樹林，除了代表公園的蒙古櫟外，也可見到白樺和山毛櫸的蹤影。這座公園吸引了黃眉黃鶲、岩雷鳥、鷦鷯和大赤啄木等許多鳥類前來棲息。
植物
白山小櫻
白山小櫻（學名：Primula cuneifolia Ledeb. var. hakusanensis Makino）是一種多年生植物，生長在公園內的融雪區域及潮濕草原上。可於夏初時，在尚有殘雪的火打山、高谷池、天狗之庭濕地和黑澤池看見白山小櫻的蹤跡。其花期為 7 月至 8 月，期間會開出鮮豔的粉紅色花朵。
白山小櫻
偃松
偃松（學名：Pinus pumila）是一種針葉常青灌木，生長在妙高山脈的山頂與連峰一帶。由於受到強風與嚴苛環境的限制，這些松樹的高度通常在 1 至 3 公尺之間。
偃松
動物
岩雷鳥
岩雷鳥（學名：Lagopus mutus japonicus）棲息於海拔 2,000 公尺以上的高山地帶，是冰河時代的遺民，並獲選為特別天然紀念物。在日本所有的岩雷鳥棲息地中，火打山處於最北端，約有 20 至 30 隻岩雷鳥於公園內棲息。
岩雷鳥
白腹琉璃
白腹琉璃（學名：Cyanoptila cyanomelana）是一種遷徙鳴禽，會在每年春末至秋初現蹤於日本。公鳥體色為鐵青色，胸部呈白色；母鳥體色則為灰棕色。白腹琉璃通常棲息於妙高戶隱連山國家公園的山區與森林河岸區域。
白腹琉璃