在日光國家公園的那須和鹽原地區，景觀會依海拔升高而變化，山毛櫸和橡樹等闊葉落葉林生長在海拔較低的地區，再往上則是杉樹和側柏等針葉林。這座公園內棲息著日本髭羚、梅花鹿和亞洲黑熊等大型哺乳動物，以及各種魚類和兩棲動物。
在海拔 1,600 公尺以上的日光和鬼怒川地區，生長著針葉林和岳樺林。海拔 2400 公尺以上的山脊和山峰上生長著灌木叢狀的高山帶植被，從此處望去，周圍景色一覽無遺。鬼怒沼和戰場平原等濕地上覆蓋著羊鬍子草，也有許多日本獼猴在此棲息。
植物
日本白根葵
這是日本特有物種，其名稱中的「白根」(shirane) 源自日光白根山，那裡曾經生長著大量花卉。由於遭到鹿的捕食和非法挖掘，日本白根葵（學名：Glaucidium plamatum）的數量大大減少，如今政府已制定持續的保護措施來保護此一物種。
日本白根葵
動物
日本獼猴
日本獼猴（學名：Macaca fuscata）遍布於日光地區的非山區。日光市頒布了日本第一條禁止餵食獼猴的法令，並教育民眾獼猴有偷取遊客背包的習慣，進而大大緩解了此一問題。
日本獼猴
梅花鹿
梅花鹿（學名：Cervus nippon）公鹿有著宏偉的鹿角。然而，由於其數量急遽增加，牠們已成為嚴重破壞森林植被的主要原因。在日光地區經常可以見到梅花鹿的身影。
梅花鹿
亞洲黑熊
亞洲黑熊（學名：Ursus thibetanus japonicus）的胸口有月牙形的白色標記，因而也被稱為 tsukinowaguma 或「月牙熊」(moon-ring bear)。在公園森林中發現的亞洲黑熊是日本主島本州境內最大的哺乳動物。
亞洲黑熊