西海國家公園的海岸、島嶼和水域裡棲息著大量豐富多元的生物，五島群島周圍的海洋公園區則擁有軸孔珊瑚群和多種魚類。您也可以在此觀賞到蜂鷹和赤腹鷹等候鳥。
植物
鹿子百合
鹿子百合（學名：Lilium speciosum）是百合科的一種植物，原生於日本與中國南部。花期為 7 月中旬至 8 月中旬，比其他種類的百合更晚。其花朵呈白色或粉紅色，散發出濃郁的芬芳。
鹿子百合
海草床
公園的海草床包括鰻草和槳草等水草，以及海藻等藻類。這些肥沃富饒的棲息地孕育了各種海洋生物。
海草床
動物
三棘鱟
儘管名字是三棘鱟（學名：Tachypleus tridentatus），但其與蜘蛛和蠍子的關係更近。在過去的 2 億年中，三棘鱟幾乎沒有任何演變，本質上是個活化石。通常在瀨戶內海與九州西北部之間繁殖。
三棘鱟
蜂鷹
蜂鷹（學名：Pernis ptilorhynchus）是一種猛禽，主要以黃蜂、大黃蜂幼蟲和蛹為食。在從日本經中國飛往婆羅洲、菲律賓和印尼的遷徙旅程中，蜂鷹會在秋天停在大瀬崎岬。
蜂鷹