支笏洞爺國家公園的原始湖泊和廣闊森林是各種植物和野生動物的棲息地。
公園內遍布針葉樹和闊葉樹林，如魚鱗雲杉、庫頁冷杉、蒙古櫟和春愉。您可以在高海拔地區發現偃松，以及磯杜鵑和松毛翠等高山植物。
這座公園還擁有珍貴的生態系統，是雪兔、蝦夷松鼠和梅花鹿等動物的棲息地。日本角鴞、黑啄木鳥和其他鳥類棲息在公園的森林中，而花嘴鴨和鳳頭潛鴨則經常出沒於清澈的湖泊中。
植物
磯杜鵑
磯杜鵑（學名：Ledum palustre subsp.Diversipilosum var. nipponicum）是杜鵑的親緣物種。這種常綠灌木通常生長於高山和亞高山地區，在支笏洞爺國家公園的樽前山火山坡上也可見到其蹤影。在 6 月至 7 月期間，磯杜鵑會叢生白色的小花。
磯杜鵑
針葉樹和闊葉樹混合林
支笏湖沿岸生長著魚鱗雲杉、庫頁冷杉，蒙古櫟和春榆樹林。美笛地區因闊葉樹叢生而被稱為「巨木森林」(forest of gigantic trees)，其中包括春榆、日本紫荊、華東椴和刺楸（學名：Kalopanax septemlobus）。
支笏湖森林
動物
蝦夷松鼠
蝦夷松鼠（學名：Sciurus vulgaris orientis）是歐亞松鼠的亞種，也是北海道低地和亞高山地區最常見的松鼠種類。牠冬季不冬眠，一年四季都非常活躍。這種松鼠的皮毛會依季節變化。夏季時皮毛呈紅棕色，到了冬季則會變成灰色或淺棕色，並且會在下巴下方和腹部出現白色斑點。最常出現的地區是羊蹄山和支笏湖周圍。
蝦夷松鼠
北狐
北狐（學名：Vulpes vulpes schrencki）是赤狐的亞種，遍布於支笏洞爺國家公園全境。其耳朵和四肢尖端為黑色，體型比本州的赤狐更大。這種夜間活動的生物主要以老鼠、鳥類和昆蟲為食，有時也會食用水果和堅果。
北狐
黑啄木鳥
黑啄木鳥（學名：Dryocopus martius martius）體長可超過 45 公分，是日本最大的啄木鳥。牠們擁有白色的喙和鮮紅色的羽冠，有時會垂直地停在樹幹側面休息。在北海道地區，黑啄木鳥通常會在岳樺、白樺或庫頁冷杉樹上築巢。這些鳥類力氣很大，鳥嘴可以啄進樹幹深處。在支笏湖溫泉附近可以看到傷痕累累的樹木。
黑啄木鳥