雲仙天草國家公園內混合生長著落葉闊葉林和常綠闊葉林。熱氣騰騰的雲仙地獄附近生長著芒草和赤松，而原生沼的泥炭蘚濕地上則點綴著日本鳶尾花。5 月間，雲仙岳上會開滿九州杜鵑鮮豔的粉紅色花朵，而 6 月則會開滿大花四照花。
公園吸引了各種各樣的候鳥棲息於此，包括白腹琉璃、黃眉黃鶲和小杜鵑。藍刻齒雀鯛和縱條副緋鯉等亞熱帶魚類通常出沒於沿海的珊瑚礁中。
植物
白滿天星
白滿天星（學名：Enkianthus cernuus）是日本特有的落葉灌木，通常會在春末時開出白色的鐘形花朵。
白滿天星是日本特有種
文殊蘭
文殊蘭（學名：Crinum asiaticum）是一種多年生植物，通常生長在溫暖的沿海地區。高度可達 1 公尺長，會在夏天開出香氣濃郁的蜘蛛狀大型花朵。
雲仙岳的景色
動物
印太洋瓶鼻海豚
印太洋瓶鼻海豚（學名：Tursiops aduncus）棲息在印度、東亞及澳洲沿岸海域。雖然外觀與普通的寬吻海豚相似，但這種海豚通常身形較小，且腹部偶有黑色斑紋。牠們通常棲息於天草群島和島原半島間的水域。
寬吻海豚
白腹琉璃
白腹琉璃（學名：Cyanoptila cyanomelana）是一種遷徙鳴禽，每年春末至秋初現蹤於日本。公鳥體色為鐵青色，胸部呈白色；母鳥體色則為灰棕色。在雲仙岳山頂附近可尋找到其蹤跡。
白腹琉璃