日本四季分明，擁有各種氣候類型。北海道北部為副極地氣候，往下至沖繩南部則為亞熱帶氣候。
季節性天氣狀況會因您所在的地區而異。夏季時有別於各地的炎熱潮濕，東北地區北部、北海道和山區則較為涼爽。冬季除沖繩以外的地區較為寒冷，但通常只有北海道、日本海周圍地區和山區會降下大雪。
春秋兩季皆為探索戶外的理想季節
春天和秋天有著一年中最宜人的氣候和溫度，為遊客探索日本國家公園最好的季節，但有些重要事項需特別注意。由於大雪和其他危險的天氣狀況影響，許多位於高海拔地區的觀光點（包括富士山）會在深秋至初春期間持續關閉。即使在海拔較低的地區，也建議遊客穿著多層衣物，並攜帶防水服裝，以應對瞬息萬變的天氣狀況。
吉野熊野國家公園的瀞峽
春季之花
若於春季遊覽日本，您將有幸欣賞到日本著名的櫻花景致。常言春暖花開，但若想在櫻花樹下體驗傳統的賞花野餐，建議您最好穿上外套，並準備好熱飲。日本的「櫻花前線」由南向北延伸，整個賞櫻季於 1 月在沖繩拉開序幕，並於 5 月底在北海道結束。若您到得太早或太晚，不幸錯過了「櫻花前線」，您仍可觀賞到許多其他的美麗花朵，像是每年 2 月於日本各地競相綻放的梅花，象徵著春季即將來臨。到了 4 月底，許多地區也會出現盛開著紫藤花的隧道。在夢幻般的隧道下漫步將別有一番風味。
吉野熊野國家公園的吉野山
雨季
日本的雨季通常會從 6 月初開始，一直持續至 7 月中旬。有別於夏季的炎熱潮濕，此時的天氣非常舒適，因此，別讓雨水阻礙了您的腳步。此外，像是伊勢志摩國家公園和吉野熊野國家公園等公園內的傳統寺廟，在雨天時也會更增添些許神秘的氛圍。
吉野熊野國家公園的大杉谷瀑布
夏季——於山林間避暑
雨季結束，隨著炎炎夏日到來，各地的溫度和濕度也會迅速升高。請務必塗抹足量的防曬霜，並隨時補充水分以免中暑。近年來，超過攝氏 35 度的熱浪已造成多人不幸喪生。但在富士山等山區，即使在夏季，高海拔地區的氣溫仍然較低。如欲前往攀登，請準備適當的保暖衣物。
上信越高原國家公園的池之平濕地
秋季——颱風過境後的絢麗色彩
日本的颱風季大約會於 8 月和 9 月時達到高峰，期間雖仍可旅行，但請勿輕忽颱風所帶來的影響，並避免在公園內進行戶外活動。隨著颱風季接近尾聲，日本迷人的秋季色彩也開始顯現。每年 9 月，北海道的樹葉會最先開始變色，到了 12 月，日本南部的最後一批樹葉才紛紛落下。此為在日本健行的黃金時節，但熱門地點通常人滿為患，若遇連續假期則更顯擁擠。
大雪山國家公園秋季的大雪山高山草甸
冬季——為雪季做好準備
北海道北部、東北地區和山區通常於 11 月就會開始降雪，但直到 12 月，日本偏南部的地區才會迎來真正的寒冷天氣。冬季時，許多山區公園會在關閉健行路線後展開滑雪季。在雪道上暢快玩樂一天之後，您可選擇在天然溫泉泡澡放鬆，這正是在日本滑雪的一大特色。若想在冬季保持溫暖，不妨南下飛至沖繩，該地冬季氣溫很少會低於攝氏 10 度。
在大山隱岐國家公園的大山體驗雪地健行